Le musée a fait l'objet de 1991 à 1993 d'importants travaux d'extension et de restructuration qui ont permis, entre autres, de reconstituer à l'identique le décor réalisé par Lemordant en 1905-1909 pour l 'hôtel de l'Epée, à Quimper.

Le premier noyau de la collection du musée s'est constitué à partir du legs consenti en 1864 à sa ville natale par Jean-Marie de Silguy. Enrichi progressivement par divers dons, legs, dépôts et achats, le Musée des Beaux-Arts de Quimper compte aujourd'hui parmi les plus riches musées de Bretagne et de province.

Exposition permanente

• La collection de peinture ancienne se répartit entre les écoles du Nord (Van Haarlem, Rubens, Van Mol...), l'école italienne (Bartolo di Fredi, Dell'Abate, Guido, Reni...) et l'école française, particulièrement riche pour les XVIIIe et XIXe siècles (Boucher, Fragonard, Corot, Boudin). Le fonds d'inspiration bretonne (Yan'Dargent, Luminais, Breton, Leleux...) constitue l'un des points forts de la collection quimpéroise. L'école de Pont Aven est brillamment représentée avec de oeuvres réputées (Gauguin, Sérusier, Maufra, Bernard...).
• Une séquence est consacrée à la peinture en Bretagne des années trente à nos jours (Bazaine, Tal Coat, Dilasser...).

Un hommage est par ailleurs rendu au poète et peintre quimpérois Max Jacob et à ses amis (Picasso, Cocteau, de Belay, Jean Moulin...).